KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODEAN GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon

TUGAS TI III

    Peranan bioinformatika dalam bidang budidaya sangat penting bagi perkembangan dunia perikanan khususnya dalam bidang pemuliaan genetika, rekayasa genetika untuk membuat penguatsistem imunitas atau pembuatan kultifan transgenetik yang memiliki kelebihan yaitu memiliki kemampuan bertahan terhadap berbagai serangan penyakit akibat virus ataupun mikroorganisme pathogen yang dapat  menyebabkan kematian pada biota budidaya yang di hasilkan dari penyisipan Gen asing yang membawa sifat unggul.                                                  Akibat penurunan kualitas genetic berbagai biota budidaya yang disebabkan oleh penyilang  tanpa mengetahui  seluk beluk induknya ataupun pemakaian berbagai bahan kimiawi yang tidak jelas komposisinya berdampak terhadap penurunan kondisi genetic organisme budidaya sehingga rentan terhadap berbagai serangan penyakit. Hal ini terjadi pada beberapa jenis biota budidaya misalnya udang windu (Penaeus monodon), ikan lele dumbo (Clarias Bathracus) ataupun nila (Oreochromis niloticus). Namun berkat teknologi yang ada pada saat ini, kultivan kultivan tersebut telah mengalami pemurnian gen ataupun penyisipan DNA donor yang sekarang telah didapatkan kultivan yang unggul.

Gambar DNA Makhluk Hidup

Pada jurnal “KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODEAN GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon” dilakukan penerapan teknologi transgenesis terhadap peningkatan resistensi udang terhadap serangan berbagai virus dan penyakit. Udang windu yang digunakan memiliki berat antara 50 – 70 gram yang lolos dari serangan penyakit bintik putih ( White Spot Syndrome Virus) yang didapatkan dari tambak udang di daerah Sulawesi selatan.

         Peranan Bionformatika dalam penelitian ini digunakan dalam Analisis Data yang diperoleh. Untuk mengetahui kemiripan gen yang dihasilkan, sekuen nukleotida dan deduksi asam amino gen antivirus disejajarkan aligment dengan sekuen anti virus yang telah ada di dalam Gen Bank

Dengan menggunakan program BLAST – N ( Basic Local Aligment Tool ) untuk sekuen nukleotida dan BLAST – P  untuk sekuen protein atau asam amino. Hasil analisis dari program tersebut didapat bahwa sekuen gen anti virus hasil penderetan dengan menggunakan program GENETYX Versi 7 yng bertujuan untuk mendapatkan similaritas sekuen , deduksi asam amino dan keberadaan penanda signal anti virus.

Gen anti virus PmAV telah berhasil diisolasi dari cDNA udang windu ( P.monodon) yang memiliki sekuen yang idenentk 100% dengan gen anti virus yang berada Gen Bank. Analisis sekuen memperlihatkan keberadaan C- type lectine domain (CLTD) yang merupakan indicator utama suatu gen pengkode anti virus. Hal ini sangat berdapak positif dalam bidang budidaya sehingga kode genetic tersebut dapat disisipkan kedalam kultivan yang akan di perbaiki sifat genetiknya. Hasil dari penyisipan kode genetic donor  tersebut dalam DNA penerima akan menciptakan kultivan yang taha terhadap serangan berbagai virus seperti virus White Spot Syndrome Virus

 Untuk Artikel Asli Dapat Di Lihat DISINI