Genomic resources for a commercial flatfish, the Senegalese sole

(Solea senegalensis): EST sequencing, oligo microarray design, andevelopment of the Soleamold bioinformatic platform

Genomik sumber daya ikan Lidah komersial Senegal (Solea senegalensis) dengan menggunakan EST sequencing, oligo desain microarray, dan pengembangan platform bioinformatic Soleamold

Pada kali ini saya akan membahas mengenai juranl penidentifikasian genom ikan pipih dari wilayah Senegal yang bernama latin Solea senegalensis. Juranal ini sangat menitik beratkan kepada potensi besar pemanfaatan ikan pipih tersebut sebagai komoditas yang potensial namun belum tereksplorasi secara mendalam dan jurna ini berisikan penelitian tentang penelusuran genetik dari ikan Solea senegalensis. Jurnal ini di buat guna memenuhi tugas UAS TI 2012 untuk JURNAL LEBIH LANJUT KLIK DISINI

 

Dalam beberapa tahun terakhir, banyak penelitian laboratorium yang meneliti genomik genomic ikan, seperti ikan zebra (Danio rerio), medaka (Oryzia latipes ) dan  buntal  (Tetraodon nigroviridis) dalam hal ini telah memberikan kontribusi tentang pemahaman mekanisme perkembangan vertebrata dan telah menjelaskan fenomena evolusi yang kurang dipahami penyebab mengapa  genom duplikasi dapat  membungkam atau menonaktifkan  gen duplikatnya.

                                                                                                                       Penggunaan sistem genomik ini  pada ikan yang akan dibudidayakan sangat penting kaitanya  untuk guna meningkatkan usaha di bidang  akuakultur, penelitian untuk  produksi massal kultivan yang akan dibudidaya, memilih target spesies yang cocok untuk dibudidayakan. Penggunaan system  memiliki dampak yang besar bagi  kesejahteraan manusia,  karena ikan merupakan sumber makanan utama bagi manusia. Studi mengenai genomic ini sangat berguna dalam penyediaan penjabaran tentang fisiologis dan genetika dasar suatu spesies ikan ataupun organisme yang akan diteliti. Dan sebagai pembantu dalam menseleksi strain ikan yang memiliki pertumbuhan pesat serta memiliki daya tahan terhadap penyakit.

Pada jurnal “Genomic resources for a commercial flatfish, the Senegalese sole (Solea senegalensis): EST sequencing, oligo microarray design,andevelopment of the Soleamold bioinformatic platform” ini membahas tentang potensi ikan lidah yang berasal dari perairan Senegal ini memilki potensi besar sebagai komoditas perikanan komersil. Ikan pipih ini  dapat dimanfaatkan sebagai sumber protein dan dapat dibudidayakan pada perairan laut. Ikan ini memliki 570 spesies bersivat karnivora yang hidup didasar perairan.

Fasilitas Bioinformatika yang digunakan dalam penelitian tentang genom ikan pipih (Solea senegalensis) ini   dimanfaatkan dalam Pengurutan tag genetic ( EST Unigenes) dengan menggunakan fasilitas Program fasilitas BLAST 2 GO menggunakan BLAST yang digunakan untuk menemukan homolog urutan genom suatu organisme, hal ini di tujukan dalam pengurutan input genom dan ontologi ekstrak gen yang akan diamati dan di cari urutan genomnya. istilah  GO ditugaskan untuk memberikan penilaian dari proses biologis, molekul fungsi  dan kompartemen selular dari suatu DNA.  Fasilitas lain yang digunakan adalah Oryzon's proprietary software  yang digunakan untuk merancang system microarray oligo berdasarkan EST. Software ini memiliki tugas dalam pelabelan mRNA seperti Eberwein protokol  namun data yang dihasilkan masih bias. Genom Solea senegalensis tidak diurutkan secara baik oleh system software microarray tersebut , dan oleh karena itu tidak memungkinkan untuk membangun sebuah database pengetahuan tentang  genom ikan pipih ini. Dengan Fasilitas genetic data base dari soft ware  BLAST , soft warea ini sangat membantu dalam pemetaan  kembali dan menambahkan catatan pada setiap data yang telah diurutkan DNAnya oleh soft ware  microarray yang hasil pengurutan DNA tersebut digunakan untuk mencari ISH. Proses pengurutan dan pencarian genom dilakukan dengan meng-upload data-data yang  terkait dengan database yang telah ada dandidapat hasil analisis ekspresi genom. Pengguna Soft ware BLAST juga dapat menentukan  analisis data dan komparabilitas hasil. Ketika semua data telah di urutkan maka data tersebut akan berurusan dengan data yang dihasilkan dari soft ware microarray, kemudian apabila terjadi kesamaan kode genom maka, maka untuk memastikan dilakukan hibridisasi masa lintas keterbandingan data. Namun fasilitas BLASTX dan analisis GO, bagaimanapun tidak memberikan informasi secara lengkap dan penuh, maka dari itu kita harus menyimak informasi spesifik dari profil transkripsi genom dari multi jaringan librrary cDNA yang merupakan sekuensing masa depan EST. Secara spesifik jaringan tersebut diperlukan untuk tujuan ini. Namun hasil analisis tersebut terbentuk dari penelusuran genom ikan pipih (Solea senegalensis) yang menggunakan fasilitas soft ware BLAST tidak memberikan informasi  tentang sifat dari genom kan pipih dari Senegal, hal ini di karenakan baru pertama kali diadakan penelusuran genom spesies ikan pipih yang berasal dari Senegal dan pada saat ini database yang ada adalah data tunggal, dan pengidentifikasian jumlah mRNA merupakan kepentingan yang sangat  potensial dalam penelitian penelian selanjutnya.

KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODEAN GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon

TUGAS TI III

    Peranan bioinformatika dalam bidang budidaya sangat penting bagi perkembangan dunia perikanan khususnya dalam bidang pemuliaan genetika, rekayasa genetika untuk membuat penguatsistem imunitas atau pembuatan kultifan transgenetik yang memiliki kelebihan yaitu memiliki kemampuan bertahan terhadap berbagai serangan penyakit akibat virus ataupun mikroorganisme pathogen yang dapat  menyebabkan kematian pada biota budidaya yang di hasilkan dari penyisipan Gen asing yang membawa sifat unggul.                                                  Akibat penurunan kualitas genetic berbagai biota budidaya yang disebabkan oleh penyilang  tanpa mengetahui  seluk beluk induknya ataupun pemakaian berbagai bahan kimiawi yang tidak jelas komposisinya berdampak terhadap penurunan kondisi genetic organisme budidaya sehingga rentan terhadap berbagai serangan penyakit. Hal ini terjadi pada beberapa jenis biota budidaya misalnya udang windu (Penaeus monodon), ikan lele dumbo (Clarias Bathracus) ataupun nila (Oreochromis niloticus). Namun berkat teknologi yang ada pada saat ini, kultivan kultivan tersebut telah mengalami pemurnian gen ataupun penyisipan DNA donor yang sekarang telah didapatkan kultivan yang unggul.

Gambar DNA Makhluk Hidup

Pada jurnal “KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODEAN GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon” dilakukan penerapan teknologi transgenesis terhadap peningkatan resistensi udang terhadap serangan berbagai virus dan penyakit. Udang windu yang digunakan memiliki berat antara 50 – 70 gram yang lolos dari serangan penyakit bintik putih ( White Spot Syndrome Virus) yang didapatkan dari tambak udang di daerah Sulawesi selatan.

         Peranan Bionformatika dalam penelitian ini digunakan dalam Analisis Data yang diperoleh. Untuk mengetahui kemiripan gen yang dihasilkan, sekuen nukleotida dan deduksi asam amino gen antivirus disejajarkan aligment dengan sekuen anti virus yang telah ada di dalam Gen Bank

Dengan menggunakan program BLAST – N ( Basic Local Aligment Tool ) untuk sekuen nukleotida dan BLAST – P  untuk sekuen protein atau asam amino. Hasil analisis dari program tersebut didapat bahwa sekuen gen anti virus hasil penderetan dengan menggunakan program GENETYX Versi 7 yng bertujuan untuk mendapatkan similaritas sekuen , deduksi asam amino dan keberadaan penanda signal anti virus.

Gen anti virus PmAV telah berhasil diisolasi dari cDNA udang windu ( P.monodon) yang memiliki sekuen yang idenentk 100% dengan gen anti virus yang berada Gen Bank. Analisis sekuen memperlihatkan keberadaan C- type lectine domain (CLTD) yang merupakan indicator utama suatu gen pengkode anti virus. Hal ini sangat berdapak positif dalam bidang budidaya sehingga kode genetic tersebut dapat disisipkan kedalam kultivan yang akan di perbaiki sifat genetiknya. Hasil dari penyisipan kode genetic donor  tersebut dalam DNA penerima akan menciptakan kultivan yang taha terhadap serangan berbagai virus seperti virus White Spot Syndrome Virus

 Untuk Artikel Asli Dapat Di Lihat DISINI