Genomic resources for a
commercial flatfish, the Senegalese sole
(Solea senegalensis): EST
sequencing, oligo microarray design, andevelopment of the Soleamold
bioinformatic platform
Genomik sumber
daya ikan Lidah komersial Senegal (Solea senegalensis) dengan menggunakan EST sequencing,
oligo desain microarray,
dan pengembangan platform bioinformatic
Soleamold
Pada kali ini saya akan membahas mengenai juranl penidentifikasian genom ikan pipih dari wilayah Senegal yang bernama latin Solea senegalensis. Juranal ini sangat menitik beratkan kepada potensi besar pemanfaatan ikan pipih tersebut sebagai komoditas yang potensial namun belum tereksplorasi secara mendalam dan jurna ini berisikan penelitian tentang penelusuran genetik dari ikan Solea senegalensis. Jurnal ini di buat guna memenuhi tugas UAS TI 2012 untuk JURNAL LEBIH LANJUT KLIK DISINI
Dalam beberapa tahun terakhir, banyak penelitian laboratorium yang meneliti genomik genomic ikan, seperti ikan zebra
(Danio rerio), medaka (Oryzia
latipes ) dan buntal (Tetraodon nigroviridis) dalam hal ini telah memberikan kontribusi tentang pemahaman mekanisme perkembangan vertebrata
dan telah menjelaskan fenomena evolusi
yang kurang dipahami penyebab mengapa genom duplikasi dapat membungkam atau menonaktifkan gen duplikatnya.
Penggunaan sistem genomik ini pada ikan yang akan dibudidayakan sangat penting kaitanya untuk guna meningkatkan usaha di bidang akuakultur, penelitian untuk produksi massal kultivan yang akan dibudidaya, memilih target spesies yang cocok untuk dibudidayakan. Penggunaan
system memiliki dampak yang besar bagi kesejahteraan
manusia, karena ikan merupakan sumber makanan
utama bagi manusia. Studi mengenai genomic ini sangat berguna dalam penyediaan penjabaran tentang fisiologis dan
genetika dasar suatu spesies ikan ataupun organisme yang akan
diteliti. Dan sebagai pembantu dalam menseleksi strain ikan yang memiliki
pertumbuhan pesat serta memiliki
daya tahan terhadap penyakit.
Pada jurnal “Genomic resources for a
commercial flatfish, the Senegalese sole
(Solea
senegalensis): EST sequencing, oligo microarray design,andevelopment of the
Soleamold bioinformatic platform” ini membahas tentang potensi ikan
lidah yang berasal dari perairan Senegal ini memilki potensi besar sebagai
komoditas perikanan komersil. Ikan pipih ini dapat dimanfaatkan sebagai sumber protein dan
dapat dibudidayakan pada perairan laut. Ikan ini memliki 570 spesies bersivat
karnivora yang hidup didasar perairan.
Fasilitas Bioinformatika yang digunakan dalam penelitian
tentang genom ikan pipih (Solea senegalensis)
ini dimanfaatkan dalam Pengurutan tag genetic
( EST Unigenes) dengan menggunakan fasilitas Program fasilitas BLAST 2 GO menggunakan
BLAST yang digunakan untuk menemukan homolog urutan genom suatu organisme, hal ini di tujukan dalam pengurutan input genom dan ontologi
ekstrak gen yang akan diamati dan di cari urutan
genomnya. istilah GO ditugaskan untuk memberikan penilaian dari
proses biologis, molekul fungsi dan kompartemen
selular dari suatu
DNA.
Fasilitas lain yang digunakan adalah Oryzon's
proprietary software yang digunakan untuk merancang system microarray oligo berdasarkan EST. Software ini
memiliki tugas dalam pelabelan mRNA seperti Eberwein protokol namun data
yang dihasilkan masih bias. Genom Solea senegalensis tidak diurutkan secara baik oleh system
software microarray tersebut , dan oleh karena itu
tidak memungkinkan untuk membangun sebuah database
pengetahuan
tentang genom ikan pipih ini. Dengan
Fasilitas genetic data base dari soft ware BLAST , soft warea ini sangat membantu dalam
pemetaan kembali dan menambahkan
catatan pada setiap data yang telah diurutkan DNAnya oleh soft ware microarray yang hasil pengurutan DNA tersebut digunakan
untuk mencari ISH. Proses
pengurutan dan pencarian genom dilakukan dengan meng-upload data-data yang terkait
dengan database yang telah ada dandidapat hasil analisis ekspresi genom. Pengguna Soft ware BLAST juga dapat menentukan analisis data
dan komparabilitas hasil. Ketika semua data telah di urutkan maka data
tersebut akan berurusan
dengan data yang dihasilkan dari soft ware microarray, kemudian apabila terjadi kesamaan kode
genom maka, maka untuk memastikan dilakukan hibridisasi masa lintas
keterbandingan data. Namun fasilitas BLASTX dan analisis GO,
bagaimanapun tidak memberikan informasi secara lengkap dan penuh, maka dari itu kita harus menyimak informasi spesifik dari profil transkripsi genom dari multi jaringan librrary cDNA yang merupakan
sekuensing masa depan EST. Secara spesifik jaringan tersebut diperlukan untuk tujuan
ini. Namun hasil analisis tersebut terbentuk dari penelusuran genom ikan pipih (Solea senegalensis) yang menggunakan fasilitas soft ware BLAST tidak memberikan informasi tentang sifat dari genom kan pipih dari Senegal, hal ini di karenakan
baru pertama kali diadakan penelusuran genom spesies ikan pipih yang
berasal dari Senegal dan pada saat ini
database yang
ada adalah data tunggal, dan pengidentifikasian jumlah mRNA merupakan kepentingan yang sangat
potensial
dalam
penelitian penelian selanjutnya.