Genomic resources for a commercial flatfish, the Senegalese sole

(Solea senegalensis): EST sequencing, oligo microarray design, andevelopment of the Soleamold bioinformatic platform

Genomik sumber daya ikan Lidah komersial Senegal (Solea senegalensis) dengan menggunakan EST sequencing, oligo desain microarray, dan pengembangan platform bioinformatic Soleamold

Pada kali ini saya akan membahas mengenai juranl penidentifikasian genom ikan pipih dari wilayah Senegal yang bernama latin Solea senegalensis. Juranal ini sangat menitik beratkan kepada potensi besar pemanfaatan ikan pipih tersebut sebagai komoditas yang potensial namun belum tereksplorasi secara mendalam dan jurna ini berisikan penelitian tentang penelusuran genetik dari ikan Solea senegalensis. Jurnal ini di buat guna memenuhi tugas UAS TI 2012 untuk JURNAL LEBIH LANJUT KLIK DISINI

 

Dalam beberapa tahun terakhir, banyak penelitian laboratorium yang meneliti genomik genomic ikan, seperti ikan zebra (Danio rerio), medaka (Oryzia latipes ) dan  buntal  (Tetraodon nigroviridis) dalam hal ini telah memberikan kontribusi tentang pemahaman mekanisme perkembangan vertebrata dan telah menjelaskan fenomena evolusi yang kurang dipahami penyebab mengapa  genom duplikasi dapat  membungkam atau menonaktifkan  gen duplikatnya.

                                                                                                                       Penggunaan sistem genomik ini  pada ikan yang akan dibudidayakan sangat penting kaitanya  untuk guna meningkatkan usaha di bidang  akuakultur, penelitian untuk  produksi massal kultivan yang akan dibudidaya, memilih target spesies yang cocok untuk dibudidayakan. Penggunaan system  memiliki dampak yang besar bagi  kesejahteraan manusia,  karena ikan merupakan sumber makanan utama bagi manusia. Studi mengenai genomic ini sangat berguna dalam penyediaan penjabaran tentang fisiologis dan genetika dasar suatu spesies ikan ataupun organisme yang akan diteliti. Dan sebagai pembantu dalam menseleksi strain ikan yang memiliki pertumbuhan pesat serta memiliki daya tahan terhadap penyakit.

Pada jurnal “Genomic resources for a commercial flatfish, the Senegalese sole (Solea senegalensis): EST sequencing, oligo microarray design,andevelopment of the Soleamold bioinformatic platform” ini membahas tentang potensi ikan lidah yang berasal dari perairan Senegal ini memilki potensi besar sebagai komoditas perikanan komersil. Ikan pipih ini  dapat dimanfaatkan sebagai sumber protein dan dapat dibudidayakan pada perairan laut. Ikan ini memliki 570 spesies bersivat karnivora yang hidup didasar perairan.

Fasilitas Bioinformatika yang digunakan dalam penelitian tentang genom ikan pipih (Solea senegalensis) ini   dimanfaatkan dalam Pengurutan tag genetic ( EST Unigenes) dengan menggunakan fasilitas Program fasilitas BLAST 2 GO menggunakan BLAST yang digunakan untuk menemukan homolog urutan genom suatu organisme, hal ini di tujukan dalam pengurutan input genom dan ontologi ekstrak gen yang akan diamati dan di cari urutan genomnya. istilah  GO ditugaskan untuk memberikan penilaian dari proses biologis, molekul fungsi  dan kompartemen selular dari suatu DNA.  Fasilitas lain yang digunakan adalah Oryzon's proprietary software  yang digunakan untuk merancang system microarray oligo berdasarkan EST. Software ini memiliki tugas dalam pelabelan mRNA seperti Eberwein protokol  namun data yang dihasilkan masih bias. Genom Solea senegalensis tidak diurutkan secara baik oleh system software microarray tersebut , dan oleh karena itu tidak memungkinkan untuk membangun sebuah database pengetahuan tentang  genom ikan pipih ini. Dengan Fasilitas genetic data base dari soft ware  BLAST , soft warea ini sangat membantu dalam pemetaan  kembali dan menambahkan catatan pada setiap data yang telah diurutkan DNAnya oleh soft ware  microarray yang hasil pengurutan DNA tersebut digunakan untuk mencari ISH. Proses pengurutan dan pencarian genom dilakukan dengan meng-upload data-data yang  terkait dengan database yang telah ada dandidapat hasil analisis ekspresi genom. Pengguna Soft ware BLAST juga dapat menentukan  analisis data dan komparabilitas hasil. Ketika semua data telah di urutkan maka data tersebut akan berurusan dengan data yang dihasilkan dari soft ware microarray, kemudian apabila terjadi kesamaan kode genom maka, maka untuk memastikan dilakukan hibridisasi masa lintas keterbandingan data. Namun fasilitas BLASTX dan analisis GO, bagaimanapun tidak memberikan informasi secara lengkap dan penuh, maka dari itu kita harus menyimak informasi spesifik dari profil transkripsi genom dari multi jaringan librrary cDNA yang merupakan sekuensing masa depan EST. Secara spesifik jaringan tersebut diperlukan untuk tujuan ini. Namun hasil analisis tersebut terbentuk dari penelusuran genom ikan pipih (Solea senegalensis) yang menggunakan fasilitas soft ware BLAST tidak memberikan informasi  tentang sifat dari genom kan pipih dari Senegal, hal ini di karenakan baru pertama kali diadakan penelusuran genom spesies ikan pipih yang berasal dari Senegal dan pada saat ini database yang ada adalah data tunggal, dan pengidentifikasian jumlah mRNA merupakan kepentingan yang sangat  potensial dalam penelitian penelian selanjutnya.

KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODEAN GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon

TUGAS TI III

    Peranan bioinformatika dalam bidang budidaya sangat penting bagi perkembangan dunia perikanan khususnya dalam bidang pemuliaan genetika, rekayasa genetika untuk membuat penguatsistem imunitas atau pembuatan kultifan transgenetik yang memiliki kelebihan yaitu memiliki kemampuan bertahan terhadap berbagai serangan penyakit akibat virus ataupun mikroorganisme pathogen yang dapat  menyebabkan kematian pada biota budidaya yang di hasilkan dari penyisipan Gen asing yang membawa sifat unggul.                                                  Akibat penurunan kualitas genetic berbagai biota budidaya yang disebabkan oleh penyilang  tanpa mengetahui  seluk beluk induknya ataupun pemakaian berbagai bahan kimiawi yang tidak jelas komposisinya berdampak terhadap penurunan kondisi genetic organisme budidaya sehingga rentan terhadap berbagai serangan penyakit. Hal ini terjadi pada beberapa jenis biota budidaya misalnya udang windu (Penaeus monodon), ikan lele dumbo (Clarias Bathracus) ataupun nila (Oreochromis niloticus). Namun berkat teknologi yang ada pada saat ini, kultivan kultivan tersebut telah mengalami pemurnian gen ataupun penyisipan DNA donor yang sekarang telah didapatkan kultivan yang unggul.

Gambar DNA Makhluk Hidup

Pada jurnal “KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODEAN GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon” dilakukan penerapan teknologi transgenesis terhadap peningkatan resistensi udang terhadap serangan berbagai virus dan penyakit. Udang windu yang digunakan memiliki berat antara 50 – 70 gram yang lolos dari serangan penyakit bintik putih ( White Spot Syndrome Virus) yang didapatkan dari tambak udang di daerah Sulawesi selatan.

         Peranan Bionformatika dalam penelitian ini digunakan dalam Analisis Data yang diperoleh. Untuk mengetahui kemiripan gen yang dihasilkan, sekuen nukleotida dan deduksi asam amino gen antivirus disejajarkan aligment dengan sekuen anti virus yang telah ada di dalam Gen Bank

Dengan menggunakan program BLAST – N ( Basic Local Aligment Tool ) untuk sekuen nukleotida dan BLAST – P  untuk sekuen protein atau asam amino. Hasil analisis dari program tersebut didapat bahwa sekuen gen anti virus hasil penderetan dengan menggunakan program GENETYX Versi 7 yng bertujuan untuk mendapatkan similaritas sekuen , deduksi asam amino dan keberadaan penanda signal anti virus.

Gen anti virus PmAV telah berhasil diisolasi dari cDNA udang windu ( P.monodon) yang memiliki sekuen yang idenentk 100% dengan gen anti virus yang berada Gen Bank. Analisis sekuen memperlihatkan keberadaan C- type lectine domain (CLTD) yang merupakan indicator utama suatu gen pengkode anti virus. Hal ini sangat berdapak positif dalam bidang budidaya sehingga kode genetic tersebut dapat disisipkan kedalam kultivan yang akan di perbaiki sifat genetiknya. Hasil dari penyisipan kode genetic donor  tersebut dalam DNA penerima akan menciptakan kultivan yang taha terhadap serangan berbagai virus seperti virus White Spot Syndrome Virus

 Untuk Artikel Asli Dapat Di Lihat DISINI

TUGAS TI SIG & INDRAJA

JURNAL

PENERAPAN METODE PENGINDERAA JAUH DAN SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS UNTUK ANALISA PERUBAHAN PENGGUNAAN LAHAN (Studi Kasus: Wilayah Kali Surabaya)

Bangun Muljo Sukojo dan Diah Susilowati

Review

Analisis   Dampak   Perubahan   Penggunaan   Lahan terhadap Tingkat Pencemaran di Wilayah Kali Surabaya  merupakan  salah  satu  langkah  untuk  mengetahui seberapa jauh dampak yang ditimbulkan oleh perubahan penggunaan  lahan  di  sekitar  Kali  Surabaya  terhadap tingkat  pencemaran  yang  terjadi.  Analisis tersebut  dilakukan dengan  menggunakan  metoda  Inderaja  (Penginderaan Jauh)  dan model monitoring kualitas air melalui SIG (Sistem Informasi Geografis)  untuk mengevaluasi dan memonitor penataan dan pengelolaan lingkungan, khususnya  Kali  Surabaya. Hasil  analisis  tersebut diharapkan   dapat   digunakan   dalam   pengendalian pemanfaatan lahan di wilayah Kali Surabaya.           

 SIG merupakan suatu alat, metode, dan prosedur yang mempermudah dan mempercepat usaha untuk menemukan dan memahami persamaan-persamaan dan perbedaan-perbedaan yang ada dalam ruang muka bumi. Keywords yang menjadi titik tolak perhatian SIG adalah lokasi geografis dan analisis spasial yang secara bersama-sama merupakan dasar penting dalam suatu sistem informasi keruangan.

Penginderaan jauh (atau disingkat inderaja) adalah pengukuran atau akuisisi data dari sebuah objek atau fenomena oleh sebuah alat yang secara fisik tidak melakukan kontak dengan objek tersebut saat dilakukan pengukuran atau akuisisi. Data dari objek atau fenomena tersebut diperoleh dari sebuah alat dari jarak jauh, (misalnya dari pesawat, pesawat luar angkasa, satelit, kapal atau alat lain.

Pencemaran  lingkungan  khususnya  pencemaran  air wilayah  Kali  Surabaya  diasumsikan  terjadi  karena  penurunan kualitas air sungai yang meliputi parameter kunci BOD, COD, TSS. Data kualitas air Kali Surabaya  diperoleh  berdasarkan  hasil  pemantauan  kualitas  air pada  9 titik pantau secara kontinu. Pengambilan data  kualitas air dilakukan setiap bulan baik musim kemarau maupun  musim  hujan. Pengaruh  perubahan  lahan diasumsikan terjadi sesuai dengan pembagian segmen berdasarkan arah konturnya.                                                        
Penurunan kualitas air seperti jumlah COD, BOD, dan padatan tersuspensi ini sangat berpengaruh terhadap kegiatan yang bergerak dalam sektor perikanan. Dari pengambilan sampel air dari sembilan titik menunjukan peningkatan jumlah cemaran yang mendominasi perairan dari tahun-ketahun.  Hal ini sangat berpengaruh terhadap usaha perikanan yang memanfaatkan air yang berasal dari kali surabaya, hal ini dapat menyebabkan kematian kematian pada kultivan yang kita pelihara akibat tingginya bahan pencemar yang terkandung dalam perairan.                                                                      

 Konsep  penyusunan  model  hubungan  antara  dampak  perubahan    penggunaan    lahan    terhadap tingkat pencemaran  di  wilayah  Kali  Surabaya,  dilakukan berdasarkan  analisis  terhadap  perubahan  penggunaan lahan dan tingkat pencemaran yang terjadi pada titik-titik pantau masing-masing segmen. Pada tahap awal dilakukan  pemrosesan  Citra  Landsat  TM (Thematic Mapper) tahun 1997  dengan proses pengolahan data citra menggunakan    software DIMPLE yang diinterpretasikan menjadi peta penggunaan lahan tahun 1997.  Sedangkan  peta  penggunaan  lahan (landuse)tahun 1990 diperoleh dengan cara digitasi   terhadap peta penggunaan lahan skala 1:50.000. Pengolahan database SIG, pengolahan analisis spasial dan statistik dengan   menggunakan   software   Arcview   Spasial Analysis  versi 1.0  untuk  membuat  model  perubahan penggunaan lahan   terhadap tingkat pencemaran yang dianalisis dari nilai kandungan BOD (Biological Oxygen Demand), COD  (Chemical Oxygen Demand) dan TSS (Total Suspended Solid) pada tiap titik pantau dalam suatu segmen (area) Kali Surabaya

Tahap  pembuatan  database    SIG  dilakukan  melalui tahap-tahap berikut:                     (a) pengelolaan data sekunder yang berasal dari peta penggunaan lahan tahun  1990, peta topografi, dan data lapangan mengenai kondisi kualitas air di Kali Surabaya serta penentuan lokasi titik pantau; (b) digitalisasi peta penggunaan lahan (landuse) berikut penyesuaian sistem proyeksinya dari koordinat meja ke koordinat  UTM (Universal  Transverse  Mercator), penyuntingan  peta  dan  memasukkan  data  atribut;  (c)  tumpang susun (overlay) peta penggunaan lahan tahun  1997  dengan  peta  penggunaan  lahan  tahun 1990. Kemudian dengan memanfaatkan fasilitas sofware yang ada  dilakukan  analisis  dan  penyusunan  data  atribut, sehingga diperoleh format data perubahan penggunaan lahan dalam SIG.

        Berdasarkan   data  perubahan   kualitas   air   tersebut diperoleh  hasil  kecenderungan  meningkatnya  nilai parameter BOD, COD dan TSS yang hampir merata pada tiap  segmen, dengan kenaikan BOD, COD  dan TSS rata-rata 50-70 %. Selanjutnya   dilakukan   pembuatan   model   Sistem Informasi  Geografis,  yang  memadukan  overlay  data perubahan   penggunaan   lahan   hasil   data   citra terklasifikasi  dan  peta  penggunaan  lahan.  Kemudian dibuat   coverage   dengan   menggunakan   Software ArcView  Spasial  Analysis  dan  ditambahkan  atribut khusus untuk tingkat pencemaran  (BOD, COD, TSS) pada   titik   pantau   masing-masing   segmen.  Proses pembuatan basis data tersebut setiap saat dapat diakses sesuai keperluan.

             Adapun tahapan pembuatan model SIG dalam penelitian perubahan penggunan lahan, sebagai berikut:
-Proses digitasi peta penggunaan lahan hasil citra terklasifikasi  skala 1:50.000  untuk wilayah  KaliSurabaya,  dengan  menggunakan  digitizer  yang kemudian  dilakukan  transformasi  dari  raster  ke vektor dengan hasil coverage penggunaan lahan;

-Overlay geometrik antara layer lahan dan sungai,lokasi industri dan titik-titik pantau dengan input data skala  1  :  50.000 dan hasil overlay skala  1  : 250.000

-Pembuatan  Sistem  Informasi  Geografiss (SIG) dilakukan dengan menambahkan basis data BOD, COD,  TSS  dan  data-data  atribut  seperti  jenis industri, kode titik pantau dan jenis parameter

APA ITU BIOINFORMATIKA????????????

Apabila kita mendengar atau membaca Bioinformatika pasti yang akan muncul pada pikiran kita adalah segala Informasi yang berkaitan dengan makluk hidup, memang hal itu merupakan sedikit penjelasan dari pengertian bioinformatika, namun  hal yang saya akan bahas pada kali ini adalah Bioinformatika yang berkaitan di Bidang Perikanan

Bioinformatika dalam Bidang Perikanan

Bioinformatika adalah terapan dari ilmu teknologi informasi yang mengembangkan cabang ilmu biologi sebagai dasar ilmu yang dikaji dan terus diteliti demi kesejahteraan umat manusia. Bioinformatika di bidang perikanan adalalah segala bentuk informasi dan segala bentuk teknologi yang mendukung kegiatan dalam bidang perikanan: seperti perekayasaan genetika, penerapan teknologi tepatguna, modifikasi pakan bagi kultivan yang dipelihara . Bioinformatika sangat penting peranananya bagi dunia perikanan karena dengan adannya bioinformatika akan menguntungkan para pelaku bisnis yang terjun dalam bidang perikanan maupun kegiatan pendidikan yang mengkhususkan diri dalam bidang perikanan, hal ini sangat berdampak positif bagi semua orang.     

Suatu badan pemerintah yang berperan dalam mensosialisaikan dan menerapka  bioinformatika pada masyarakat adalah Lembaga Ilmu Pengetahiuan Indonesia  (LIPI). Lembaga ilmu pengetahuan Indonesia juga memiliki tugas yang berkaitan dengan konservasi lingkungan hidup, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia berwenang untuk memberikan rekomendasi kepada pemerintah RI tentang penetapan daftar klasifikasi, kuota penangkapan dan perdagangan termasuk ekspor, re-ekspor, impor, introduksi dari laut, semua spesimen tumbuhan dan satwa liar; memonitor izin perdagangan dan realisasi perdagangan, serta memberikan rekomendasi kepada pemerintah tentang pembatasan pemberian izin perdagangan tumbuhan dan satwa liar berdasarkan evaluasi secara biologis; dan bertindak sebagai pihak yang independen memberikan rekomendasi terhadap konvensi internasional di bidang konservasi tumbuhan dan satwa liar.

Bioinformatika sangat berperan penting dalam kemajuan dunia perikanan di indonesia karena dengan bioinformatika, masyarakat bisa langsung mendapatkan perkembangan informasi yang berkaitan dengan dunia perikanan dan langsung bisa menerapkan teknologi tersebut di dunia nyata. Contoh yang dapat kita ambil adalah rekayasa genetika pada berbagai jenis ikan untuk menghasilkan suatu jenis ikan ataupun kultivan yang memiliki sifat-sifat unggul, Penelitian berbagai sumber pakan alami  yang bermanfaat bagi pertumbuhan kultivan, Melakukan penelitian  teknologi tepatguna  yang sesuai dengan kondisi agroklimat